Όταν ήταν 18 ετών βρέθηκε στην φυλακή ως πολιτικός κρατούμενος της Χούντας.

Ο Γιάννης Ζουγανέλης μίλησε για το πώς ένιωσε εκείνη τη δύσκολη περίοδο της ζωής του. «Αυτή η ιστορία με έχει στοιχειώσει ως έναν βαθμό γιατί στερήθηκα την ελευθερία μου, καταπιέστηκα πάρα πολύ και σε πολλά επίπεδα. Δεν θα μου φύγει ποτέ από το μυαλό η εικόνα της μητέρας και του πατέρα μου να κλαίνε βλέποντάς με με τις χειροπέδες στα χέρια. Στη φυλακή είδα τι σημαίνει να συμβιώνεις μαζί με το περιθώριο, τους εγκληματίες και τους ληστές – και μάλιστα σε μια τόσο τρυφερή ηλικία. Από την άλλη πλευρά, έμαθα καλά τι σημαίνει φασισμός, χούντα και πόσοι από τους Έλληνες αγωνίστηκαν πραγματικά για την ελευθερία μας» αποκάλυψε στο Πρώτο Θέμα και συνέχισε: «Η φυλάκιση με έκανε καλύτερο άνθρωπο. Πιστεύω ότι όταν κάποιος μπαίνει στη διαδικασία του αγώνα για να υπερασπιστεί την πατρίδα, την ελευθερία και όχι κάποια προσωπικά του συμφέροντα, μόνο καλύτερος μπορεί να γίνει»