Την απογοήτευσή του, για το γεγονός ότι ακόμη δεν έχουν εκπληρωθεί οι υποσχέσεις για την επαναλειτουργία της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης, εξέφρασε ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος.
Αυτό τόνισε στο μήνυμά του στις εργασίες διήμερου επιστημονικού συμποσίου στην Πάφο με θέμα «Ιερά Θεολογική Σχολή Χάλκης. Θεολογία και σύγχρονος κόσμος». Το συμπόσιο συμπίπτει με τα 172 χρόνια από τα εγκαίνια της Θεολογικής Σχολής της Χάλκης και τα 45 χρόνια, που έπαψε να λειτουργεί με απόφαση της Άγκυρας.
«Σε ουδένα αντικαθίσταται ο εν Χάλκη βίος και πολιτεία. Διακηρύξαμε παντού το δίκαιο του αιτήματος μας, λαμβάνοντας πλείστα μηνύματα και δείγματα αναγνωρίσεως του δικαίου μας, αλλά και πλείστας απογοητεύσεις από υποσχέσεις, που μέχρι τώρα δεν εκπληρώθηκαν», υπογράμμισε ο Οικουμενικός Πατριάρχης.
Η Θεολογική Σχολή Χάλκης, πριν κλείσει από τις τούρκικες αρχές το 1971, ήταν η κύρια θεολογική σχολή του Οικουμενικού Πατριαρχείου της Κωνσταντινούπολης. Την ιδέα για την Σχολή είχε ο Πατριάρχης Φώτιος Α΄ (858-861 και 878-886). Το 1844, ο Πατριάρχης Γερμανός Δ΄ κατά την πρώτη του πατριαρχεία (1842-1845), ίδρυσε το 1843 θεολογική Σχολή στις εγκαταστάσεις της μονής της Αγίας Τριάδας, την οποία και εγκαινίασε το αμέσως επόμενο έτος στις 13 Σεπτεμβρίου 1844. Όλα τα κτήρια εκτός από ένα παρεκκλήσι καταστράφηκαν στο μεγάλο σεισμό που συνέβη στη Κωνσταντινούπολη στις 28 Ιουνίου του 1894 με συνέπεια να διακοπεί η λειτουργία της. Μετά από εκτεταμένες επισκευές και αναστηλώσεις από τον αρχιτέκτονα Περικλή Φωτιάδη, διάρκειας 17 μηνών, η σχολή με νέο πλέον κτίριο εγκαινιάστηκε στις 1 Οκτωβρίου του 1896. Σημαντική ανακαίνιση έγινε στη δεκαετία του ’50.
Πολλοί Ορθόδοξοι θεολόγοι, ιερείς, επίσκοποι και πατριάρχες φοίτησαν στην Ιερά Θεολογική Σχολή της Χάλκης, συμπεριλαμβανομένου και του Πατριάρχη Βαρθολομαίου. Οι φοιτητές στη Χάλκη περιλάμβαναν όχι μόνο γηγενείς Έλληνες, αλλά και Ορθόδοξους Χριστιανούς από όλο τον κόσμο, προσδίδοντας στη σχολή έναν διεθνή χαρακτήρα. Επίσης, πολλοί πατριάρχες, επίσκοποι και πρώην δάσκαλοι έχουν ταφεί σε ειδική περιοχή του κήπου.
Οι εγκαταστάσεις περιλαμβάνουν τον ναό της Αγίας Τριάδoς, κοιτώνες, αναρρωτήριο, γραφεία, και την πανεπιστημιακή βιβλιοθήκη, στην οποία υπάρχει σημαντική ιστορική συλλογή βιβλίων, περιοδικών και χειρογράφων. Το 1971 η σχολή έκλεισε εξαιτίας ενός τουρκικού νόμου που απαγόρευε τη λειτουργία ιδιωτικών πανεπιστημίων. Το 1998 η επιτροπή ιδιοκτητών της σχολής διατάχθηκε να διαλυθεί, αλλά διεθνής κριτική έπεισε την Άγκυρα να ακυρώσει τη διαταγή.
