Για αλλοίωση του «από ιδρύσεως του Ελληνικού κράτους μέχρι σήμερα ορθόδοξου χαρακτήρα του» του μαθήματος των Θρησκευτικών κατηγορούν με προσφυγές τους στο συμβούλιο Επικρατείας τον πρώην υπουργό Παιδείας Νίκo Φίλη. 

Η Πανελλήνια  Ένωση Θεολόγων καθώς και δέκα γονείς και θεολόγοι εξαπολύουν πυρ ομαδόν σε βάρος των αποφάσεων του μέχρι πρότινος υπουργού Παιδείας ζητώντας την ακύρωση τους ως  αντισυνταγματικές, αντίθετες στην Διεθνή Σύμβαση της Ρώμης,  άλλα και   αντίθετες στη  νομολογία του Συμβουλίου της Επικρατείας.

Συγκεκριμένα θεωρούν ότι:

• με το νέο πρόγραμμα σπουδών μετατρέπεται σε «ιδιότυπη θρησκειολογία, στην οποία αναμειγνύονται η Ορθόδοξη Πίστη με τα υπόλοιπα δόγματα και θρησκεύματα, δημιουργώντας σύγχυση στους μαθητές
• Γίνεται ουσιαστικά από ομολογιακό μάθημα, μάθημα γνώσεων των θρησκευτικών, ακυρώνοντας ουσιαστικά το αναμφισβήτητο δικαίωμα των γονέων και μαθητών για παροχή θρησκευτικής εκπαίδευσης σύμφωνα με τις δικές τους θρησκευτικές πεποιθήσεις
• Η συρρίκνωση του χρόνου διδασκαλίας περιθωριοποιεί και αποδυναμώνει  πλήρως το δικαίωμα της θρησκευτικής εκπαίδευσης, κατά παράβαση των συνταγματικών διατάξεων.
• Οι μαθητές στερούνται του συνταγματικού τους δικαιώματος να διδαχθούν αυτούσια την πίστη τους στο σχολείο

Αντίθετα όπως αναφέρουν μέχρι σήμερα το διδασκόμενο μάθημα των θρησκευτικών, είχε χαρακτήρα ομολογιακό, ήτοι διδακτικό της θρησκείας των μαθητών, οι οποίοι είναι στην συντριπτικοί τους πλειοψηφία στην Ελλάδα βαπτισμένοι Ορθόδοξοι Χριστιανοί, ενώ              παρεχόταν μέχρι τώρα η δυνατότητα απαλλαγής από το μάθημα για τους μη Ο.Χ.