Οι χρήστες φακών επαφής πρέπει να είναι ιδιαιτέρως σχολαστικοί, καθώς η κακή χρήση τους εγκυμονεί κινδύνους για την υγεία των ματιών.
Οι αλλαγές στην καμπυλότητα μπορεί να μειώσουν την οπτική οξύτητα. Οι αλλαγές αυτές χρειάζονται από 3 ημέρες έως και μήνες να εξαλειφθούν και εάν δεν ληφθούν υπόψη μπορεί να οδηγήσουν πολύ εύκολα σε λάθος συνταγογράφηση γυαλιών.
Προβλήματα μπορεί να προκληθούν και από τη μηχανική πίεση του φακού επαφής στην επιφάνεια του κερατοειδούς, με αποτέλεσμα τη μείωση της ευαισθησίας του και κίνδυνο να μη γίνουν εγκαίρως αντιληπτές τυχόν κακώσεις της επιφάνειάς του.
Η παρατεταμένη χρήση μαλακών φακών επαφής προκαλεί αλλαγές και διάσπαση της δακρυϊκής στιβάδας, που μπορεί να οδηγήσουν σε φλεγμονές και έλκη.
Οι φακοί επαφής αποτελούν ιδανικό τόπο συγκέντρωσης βακτηρίων, ιδίως όταν υπάρχουν πολλές εναποθέσεις στην επιφάνειά τους. Η παραμικρή αμυχή στο επιθήλιο κάτω από τον φακό μπορεί να οδηγήσει σε μόλυνση, η οποία μπορεί να αποβεί άκρως επικίνδυνη σε περίπτωση ψευδομονάδας ή ακανθαμοιβάδας.
Η υπερβολική χρήση των φακών αποτελούν επίσης μεγάλο κομμάτι των επιπλοκών και συνήθως οδηγούν σε τοξικές αντιδράσεις σε υλικά και συντηρητικά, καθώς και σε κερατίτιδες, γιγαντιαία θηλακιώδη επιπεφυκίτιδα κ.ά.
Οι χρήστες φακών επαφής πρέπει να ακολουθούν το πρόγραμμα ελέγχων από τον εφαρμοστή φακών και να επισκέπτονται τον οφθαλμίατρό τους σε περίπτωση που υπάρξει έντονη ερυθρότητα, φωτοφοβία, κνησμός, βλεννώδεις εκκρίσεις ή μείωση της οπτικής τους οξύτητας.
